Ipak, dolaskom Napoleona Bonapartea na vlast, situacija se glede religije ponešto mijenja. Napoleon je, naime, smatrao da je vjera potrebna za stabilnost države, ali je istovremeno poticao i njezin pluralizam. Godine 1801. Napoleon sklapa Konkordat s Rimokatoličkom crkvom, kojim se regulira položaj Crkve u Francuskoj, čime je naizgled bio označen kraj međusobno zategnutih odnosa prouzročenih francuskim reformama naspram Crkve. Konkordatom Crkva, međutim, nije vratila svoj prijašnji položaj – katoličanstvo je priznato samo kao „vjera velike većine francuskih građana“ te je Crkva stavljena pod vlast države. Odnosi s Rimom ubrzo su se pokvarili jer se Napoleon sve više miješao u crkvenu vlast, a usto je isticao da je sam Bog odobrio njegovu vladavinu. Vrhunac sukoba s Rimom predstavljala je Napoleonova okupacija Rima (1808.), zbog čega ga je papa Pio VII. ekskomunicirao. Napoleon nije ostao dužan – uhitio je papu i kao zatvorenika držao ga je u Francuskoj do 1814. Konkordat iz 1801. s izvjesnim promjenama ostao je na snazi do 1905., kada je 9. prosinca donesen Zakon o odvojenosti crkava i države¹.

Člankom 1. Zakona postavljeno je temeljno načelo odnosa francuske države prema vjeri: „Republika osigurava slobodu savjesti. Ona jamči slobodu bogoslužja koja je ograničena samo na temelju sljedećih pravila u interesu javnog poretka.

Člankom 2. određena je bit odvojenosti:

„Republika ne priznaje, ne plaća niti subvencionira bilo koji oblik bogoslužja. Posljedično tome, od 1. siječnja, nadalje, nakon što ovaj zakon bude objavljen, svi troškovi koji se odnose na obavljanje bogoslužja bit će brisani iz državnog proračuna kao i lokalnih proračuna. Međutim, troškovi koji se odnose na kapelansku službu i koji su namijenjeni za osiguranje slobodnog obavljanja bogoslužja u javnim ustanovama kao što su srednje škole, fakulteti, škole, hospiciji, azili i zatvori mogu činiti dio naprijed navedenih proračuna. Javne bogomolje se ukidaju te podliježu odredbama članka 3.

U tom smislu, člancima 3. - 10. uređena su pitanja mjesta obavljanja bogoslužja, tko je dužan organizirati dvostruki inventar kako bi se moglo odlučiti što pripada (vjerskim) organizacijama, a što državi ili lokalnim zajednicama. Člankom 11. uređeno je pitanje mirovina vjerskih ministara koji su navršili 60 godina, a članci 12. - 17. uređuju pitanje vjerskih zgrada koje su stavljene na raspolaganje naciji, a koje se daju vjerskim organizacijama na korištenje i održavanje. Najljepše zgrade koje su postale „povijesni spomenici“ na temelju zakona iz 1887., održavala je država i lokalne zajednice.

Samo obavljanje bogoslužja uređeno je člancima 25. – 36.: zvonjava i procesije uređuju se lokalnim odlukama, zabranjuje se održavanje političkih sastanaka u bogomoljama, vjeronauk za djecu između 6 i 13 godina mora se održavati izvan školskih sati, zabranjen je bilo kakav vjerski znak ili amblem na javnim spomenicima, utvrđene su kazne za uvrede kao i za prisilu za pridruživanje ili napuštanje vjerske organizacije i dr. Člancima 37. - 39. uređene su završne odredbe.

Zakonom o odvojenosti crkava i države dovršen je proces sekularizacije u Francuskoj započet 1789. Papa Pio X. osudio je njegovo donošenje smatrajući ga jednostranim raskidom Konkordata iz 1801., a katolicima je zabranio osnivanje vjerskih organizacija (dio klera oglušio se na tu zabranu). Zakon o odvojenosti crkava od države iz 1905. do danas predstavlja francusku posebnost po pitanju odnosa države prema vjeri.